Ghost in the Shell opowiada o losie Kusanagi Motoko, która kiedyś była człowiekiem. Obecnie jest cyborgiem, w którym z człowieka nie zostało zbyt wiele. Należy ona do oddziału pod nazwą "Sekcja 9", jej partnerem jest Batou, również cyborg, ale nie tak wyjątkowy jak Motoko. Oboje zajmują się sprawą "Władcy Marionetek". Wraz z postępami w śledztwie i wmieszaniem się w sprawę innej agencji rządowej, akcja zaczyna nabierać tempa i dochodzenie staje się jeszcze bardziej niebezpieczne
We wcześniejszych bitwach przeciwko Aniołom młodzi piloci Evangelionów, Shinji oraz Rei byli zmuszeni nieść nadzieję ludzkości na swoich barkach. Teraz, podczas śmiertelnego ataku Aniołów oraz nadchodzącego widma Trzeciego Uderzenia, Shinji i Rei odkrywają, że ich obowiązki zostały częściowo przejęte przez dwóch nowych pilotów, ognistą Rei oraz tajemniczą Mari. Prowadząc swoje ogromne Evy do walki, cztery młode dusze desperacko walczą by uratować ludzkość przed niebiosami. Ale czy będą do tego zdolni?
NERV zostało zaatakowane przez SEELE, a Rei stała się jednością z Lilith. Wraz z Włócznią Longinusa oraz skończoną serią EVA, Shinji zadecyduje albo i nie o tym czy ludzkość przestanie istnieć. Musi zadecydować czy chce pozostać przy życiu czy też nie, a jego wybór wpłynie na całą ludzkość.
Po Drugim Uderzeniu, Tokyo-3 jest jedyną rzeczą jaka pozostała po Japonii, miasto zostaje zaatakowane przez gigantyczne kreatury, które chcą wytępić ludzkość, Anioły. Shinji Ikari, który nie widział swojego ojca przez ponad 8 lat odbiera telefon, który mówi mu, by niezwłocznie udał się do głównej siedziby NERV, organizacji, która zajmuje się zabijaniem Aniołów przy użyciu wielkich mechów zwanych Eva. Celem Shinjiego jest pilotowanie Jednostki 01 przy współpracy z pilotem Jednostki 00, Ayanami Rei.
Jest rok 2004. Właśnie wymyślono nowy rodzaj psychoterapii o nazwie PT. Polega ona na tym, że wysyła się "detektywa snów" do snu człowieka i wykorzystuje się jego brak świadomości. Tuż przed uchwaleniem ustawy pozwalającej na użycie takiej metody, ktoś kradnie urządzenie umożliwiające terapię i naukowcy jeden po drugim tracą rozum. Urządzenie to, niewłaściwie wykorzystane, może być bardzo niebezpieczne i może niszczyć ludziom osobowość. Nagrodzona Noblem piękna psychoterapeutka Atsuko Chiba przybiera pseudonim operacyjny "Papryka" i udaje się do świata snów. Jej celem jest odkrycie prawdy i odzyskanie urządzenia
Akcja filmu rozgrywa się w XIX­‑wiecznej industrializującej się Europie, w której jako siłę roboczą wykorzystuje się „frankensteiny” – ożywione zwłoki z fałszywą duszą. Głównym bohaterem jest John Watson, student medycyny na Uniwersytecie Londyńskim, a poza tym tajny agent rządowy. Obok służb angielskich do rozgrywki włączą się przedstawiciele Rosji i Ameryki.
Na początku dwudziestego pierwszego wieku meteoryt uderzył w Antarktykę. Następnie, gdy naukowcy udali się na miejsce zdarzenia nastąpił ogromny wybuch, nazwany później "Drugim Uderzeniem". Ikari Shinji jest 14-letnim chłopcem, który przybył do Tokio-3, miasta, które służy jako forteca, by spotkać się z ojcem, który porzucił go lata temu. Miasto jest oblegane przez ogromne stworzenia nazywane "Aniołami" w czasie, gdy do niego przybywa. W jakiś sposób, młody chłopak znajduje się w Evangelionie Jednostce 01 oraz udaje mu się z nią zsynchronizować. Ikari został ogłoszony jej pilotem, oraz zostaje wrzucony do walki jako ostatnia linia obrony w walce z Aniołami. Jednak, z czasem gdy Shinji walczy, odkrywa prawdę skrywającą się za Aniołami, Drugim Uderzeniem, walce człowieka z Bogiem, oraz tego, czego naprawdę się boi.
NERV zostało zaatakowane przez SEELE, a Rei stała się jednością z Lilith. Wraz z Włócznią Longinusa oraz skończoną serią EVA, Shinji zadecyduje albo i nie o tym czy ludzkość przestanie istnieć. Musi zadecydować czy chce pozostać przy życiu czy też nie, a jego wybór wpłynie na całą ludzkość
14 lat po Trzecim Uderzeniu Shinji Ikari budzi się w świecie, którego nie pamięta. Nie zestarzał się. Większość Ziemi jest w ruinie, NERV upadł, a ludzi, których chronił teraz zwrócili się przeciwko niemu. Po zaprzyjaźnieniu się z tajemniczym Kaworu Nigasą, Shinji kontynuuje swoją walkę przeciwko Aniołom i zauważa, że do jej końca jest bardzo długa droga, nawet jeśli miałby walczyć przeciwko swoim byłym sojusznikom. Zmagania bohaterów trwają w czasie walk przeciwko Aniołom, jak i między sobą, zataczając się ku nieuchronnemu końcu świata