Listopad 1998 Tomoe Enjou ucieka z domu, po tym jak zamordował swoją matkę, która zabiła jego ojca. Uciekając przed bandytami spotyka Shiki. Dziewczyna ratuje go, a ten wyznaje, że jest mordercą. Pod nieobecność Kokutou, Shiki zabiera chłopaka ze sobą i daje mu schronienie w domu. W międzyczasie do domu Enjou wchodzi złodziej i znajduje zwłoki lokatorów. Ucieka i wraca z policją, jednak drzwi mieszkania otwiera ojciec Tomoego.
Luty 1999 W mieście znów zaczęli ginąć ludzie. Popełniono już 7 morderstw, a policja doszła do wniosku, że nowa seria jest powiązana z tą sprzed czterech lat. Shiki zaczęła znikać na długie godziny. W tym czasie brak z nią kontaktu, a na miejscach zbrodni ludzie widują dziewczynę w kimonie. Mikiya bezgranicznie wierzy w Shiki, więc rozpoczyna własne śledztwo, aby odkryć prawdę i udowodnić jej niewinność.
Czerwiec 1998 Dwa lata wcześniej Shiki próbowała popełnić samobójstwo, przez które zapadła w śpiączkę. Mikiya Kokutou ciągle ją odwiedza, oczekując jej przebudzenia. Po dwóch latach spędzonych w szpiączce, Shiki się budzi, ale ma amnezję i w szoku rani się w oczy. Mikiya zaczyna pracować dla Touko Aozaki, maga i właściciela agencji detektywistycznej. Touko pod przykrywką terapeutki, próbuje pomóc dziewczynie, która straciła część swojej duszy i jest atakowana przez dusze zmarłych.
Jest rok 2004. Właśnie wymyślono nowy rodzaj psychoterapii o nazwie PT. Polega ona na tym, że wysyła się "detektywa snów" do snu człowieka i wykorzystuje się jego brak świadomości. Tuż przed uchwaleniem ustawy pozwalającej na użycie takiej metody, ktoś kradnie urządzenie umożliwiające terapię i naukowcy jeden po drugim tracą rozum. Urządzenie to, niewłaściwie wykorzystane, może być bardzo niebezpieczne i może niszczyć ludziom osobowość. Nagrodzona Noblem piękna psychoterapeutka Atsuko Chiba przybiera pseudonim operacyjny "Papryka" i udaje się do świata snów. Jej celem jest odkrycie prawdy i odzyskanie urządzenia
Wrzesień 1998 Coś w mieście wywołuje falę tajemniczych samobójstw. Wszystkie ofiary są uczennicami różnych szkół i nie są w żaden sposób ze sobą powiązane. Jedyne, co łączy wszystkie te sprawy, to budynek Fujou - wieżowiec przeznaczony do rozbiórki.
Akcja filmu rozgrywa się w XIX­‑wiecznej industrializującej się Europie, w której jako siłę roboczą wykorzystuje się „frankensteiny” – ożywione zwłoki z fałszywą duszą. Głównym bohaterem jest John Watson, student medycyny na Uniwersytecie Londyńskim, a poza tym tajny agent rządowy. Obok służb angielskich do rozgrywki włączą się przedstawiciele Rosji i Ameryki.