Vancouver, dwa lata przed rozpoczęciem właściwej akcji serii Grisaia no Kajitsu. Terroryści porywają samolot z pasażerami na pokładzie. Jednym z żołnierzy próbujących odbić zakładników jest młody zdolny snajper Yuuji Kazami. Te wydarzenia są jednak tylko pretekstem do ukazania tragicznej historii chłopca. Film jest preludium do następnej serii,Grisaia no Rakuen
Ghost in the Shell opowiada o losie Kusanagi Motoko, która kiedyś była człowiekiem. Obecnie jest cyborgiem, w którym z człowieka nie zostało zbyt wiele. Należy ona do oddziału pod nazwą "Sekcja 9", jej partnerem jest Batou, również cyborg, ale nie tak wyjątkowy jak Motoko. Oboje zajmują się sprawą "Władcy Marionetek". Wraz z postępami w śledztwie i wmieszaniem się w sprawę innej agencji rządowej, akcja zaczyna nabierać tempa i dochodzenie staje się jeszcze bardziej niebezpieczne
We wcześniejszych bitwach przeciwko Aniołom młodzi piloci Evangelionów, Shinji oraz Rei byli zmuszeni nieść nadzieję ludzkości na swoich barkach. Teraz, podczas śmiertelnego ataku Aniołów oraz nadchodzącego widma Trzeciego Uderzenia, Shinji i Rei odkrywają, że ich obowiązki zostały częściowo przejęte przez dwóch nowych pilotów, ognistą Rei oraz tajemniczą Mari. Prowadząc swoje ogromne Evy do walki, cztery młode dusze desperacko walczą by uratować ludzkość przed niebiosami. Ale czy będą do tego zdolni?
NERV zostało zaatakowane przez SEELE, a Rei stała się jednością z Lilith. Wraz z Włócznią Longinusa oraz skończoną serią EVA, Shinji zadecyduje albo i nie o tym czy ludzkość przestanie istnieć. Musi zadecydować czy chce pozostać przy życiu czy też nie, a jego wybór wpłynie na całą ludzkość.
Listopad 1998 Tomoe Enjou ucieka z domu, po tym jak zamordował swoją matkę, która zabiła jego ojca. Uciekając przed bandytami spotyka Shiki. Dziewczyna ratuje go, a ten wyznaje, że jest mordercą. Pod nieobecność Kokutou, Shiki zabiera chłopaka ze sobą i daje mu schronienie w domu. W międzyczasie do domu Enjou wchodzi złodziej i znajduje zwłoki lokatorów. Ucieka i wraca z policją, jednak drzwi mieszkania otwiera ojciec Tomoego.
Po Drugim Uderzeniu, Tokyo-3 jest jedyną rzeczą jaka pozostała po Japonii, miasto zostaje zaatakowane przez gigantyczne kreatury, które chcą wytępić ludzkość, Anioły. Shinji Ikari, który nie widział swojego ojca przez ponad 8 lat odbiera telefon, który mówi mu, by niezwłocznie udał się do głównej siedziby NERV, organizacji, która zajmuje się zabijaniem Aniołów przy użyciu wielkich mechów zwanych Eva. Celem Shinjiego jest pilotowanie Jednostki 01 przy współpracy z pilotem Jednostki 00, Ayanami Rei.
Luty 1999 W mieście znów zaczęli ginąć ludzie. Popełniono już 7 morderstw, a policja doszła do wniosku, że nowa seria jest powiązana z tą sprzed czterech lat. Shiki zaczęła znikać na długie godziny. W tym czasie brak z nią kontaktu, a na miejscach zbrodni ludzie widują dziewczynę w kimonie. Mikiya bezgranicznie wierzy w Shiki, więc rozpoczyna własne śledztwo, aby odkryć prawdę i udowodnić jej niewinność.
Czerwiec 1998 Dwa lata wcześniej Shiki próbowała popełnić samobójstwo, przez które zapadła w śpiączkę. Mikiya Kokutou ciągle ją odwiedza, oczekując jej przebudzenia. Po dwóch latach spędzonych w szpiączce, Shiki się budzi, ale ma amnezję i w szoku rani się w oczy. Mikiya zaczyna pracować dla Touko Aozaki, maga i właściciela agencji detektywistycznej. Touko pod przykrywką terapeutki, próbuje pomóc dziewczynie, która straciła część swojej duszy i jest atakowana przez dusze zmarłych.
Wrzesień 1998 Coś w mieście wywołuje falę tajemniczych samobójstw. Wszystkie ofiary są uczennicami różnych szkół i nie są w żaden sposób ze sobą powiązane. Jedyne, co łączy wszystkie te sprawy, to budynek Fujou - wieżowiec przeznaczony do rozbiórki.
Akcja filmu rozgrywa się w XIX­‑wiecznej industrializującej się Europie, w której jako siłę roboczą wykorzystuje się „frankensteiny” – ożywione zwłoki z fałszywą duszą. Głównym bohaterem jest John Watson, student medycyny na Uniwersytecie Londyńskim, a poza tym tajny agent rządowy. Obok służb angielskich do rozgrywki włączą się przedstawiciele Rosji i Ameryki.
NERV zostało zaatakowane przez SEELE, a Rei stała się jednością z Lilith. Wraz z Włócznią Longinusa oraz skończoną serią EVA, Shinji zadecyduje albo i nie o tym czy ludzkość przestanie istnieć. Musi zadecydować czy chce pozostać przy życiu czy też nie, a jego wybór wpłynie na całą ludzkość
14 lat po Trzecim Uderzeniu Shinji Ikari budzi się w świecie, którego nie pamięta. Nie zestarzał się. Większość Ziemi jest w ruinie, NERV upadł, a ludzi, których chronił teraz zwrócili się przeciwko niemu. Po zaprzyjaźnieniu się z tajemniczym Kaworu Nigasą, Shinji kontynuuje swoją walkę przeciwko Aniołom i zauważa, że do jej końca jest bardzo długa droga, nawet jeśli miałby walczyć przeciwko swoim byłym sojusznikom. Zmagania bohaterów trwają w czasie walk przeciwko Aniołom, jak i między sobą, zataczając się ku nieuchronnemu końcu świata